O projeto é de responsabilidade da Zombie, experiente desenvolvedora de Seattle que trabalhou em conjunto com a Twisted Pictures, produtora dos filmes, para garantir o máximo de fidelidade com a série. No entanto, como no cinema o enredo é bastante intricado, aqui a história toma rumos paralelos, protagonizada pelo detetive David Tapp - interpretado por Danny Glover no longa original.

O jogo não faz concessões e tenta entrar no espírito e modo de agir do maníaco Jigsaw. Não há tutoriais ou textos explicativos e logo de cara o jogador se encontra preso a uma armadilha mortal, de forma similar aos minutos introdutórios de cada fita. É necessário participar de uma espécie de minigame para se libertar e, só então, começar a investigar o que está acontecendo com um grupo de pessoas preso em um sanatório abandonado.

O foco principal se vira para Tapp, em um jogo de ação e mistério em terceira pessoa inspirado em "Silent Hill" e outros clássicos de horror e sobrevivência. Mas durante o curso dos acontecimentos, também se mostra necessário controlar outros personagens - entre os que estão perdidos no hospital - para escapar de outras armadilhas brutais e descobrir quais suas ligações com Jigsaw.

Como não poderia deixar de ser, o boneco Billy dá as caras durante as instruções e fitas localizadas nos cenários dão pistas em relação aos propósitos do maníaco. Decisões morais e a sobrevivência de determinados personagens alteram o rumo da história, que possui múltiplos desfechos de acordo com o que cada jogador conseguir realizar para juntar todas as peças do enigma.